На основании Постановления Правительства Российской Федерации от 28 декабря 1991 г. «О реформировании системы государственного управления агропромышленным комплексом Российской Федерации» и решением пятой сессии Верховного Совета Республики Алтай от 16 декабря 1992 г. Правительство Республики Алтай 5 февраля 1993 г. приняло Постановление «О реформировании системы государственного управления

агропромышленным комплексом Республики Алтай», в соответствии с которым был создан Комитет сельского хозяйства и продовольствия Республики Алтай. Исполняющим обязанности председателя нового ведомства был назначен Григорий Николаевич Пильтин.

В структуру органов управления сельским хозяйством региона, наряду с Комитетом, вошли районные комитеты сельского хозяйства и продовольствия, а также различные предприятия и организации сельскохозяйственного назначения.

Одной из главных задач нового ведомства стала разработка комплекса мероприятий по сохранению племенного скота: лошадей, овец и коз на территории Республики Алтай.

Ведущими племенными хозяйствами стали племенное ОПХ «Чуйское» по разведению крупного рогатого скота симментальской породы, племенной совхоз «Теньгинский» по разведению овец горно-алтайской породной группы. Эти хозяйства получили всестороннюю поддержку государства.

В начале 1990-х годов Комитетом была проделана огромная работа по реализации аграрной реформы. В республике только в 1992 г. было создано 409 крестьянских хозяйств, более 155 тыс. га земли передано сельским советам.

В этом же году в порядке реализации Постановлений Правительства РФ в Республике Алтай на базе 25 совхозов и 7 колхозов образованы: 1 колхоз, 3 ассоциации крестьянских хозяйств, 52 акционерных общества и малых предприятия.

В 1997 г. Комитет сельского хозяйства и продовольствия Республики Алтай реорганизован в Министерство сельского хозяйства и продовольствия Республики Алтай. Постановлением Правительства Республики Алтай № 85 от 18 апреля 2002 г. Министерства сельского хозяйства и продовольствия Республики Алтай преобразовано в Министерство сельского хозяйства Республики Алтай.

Итогом работы агропромышленного комплекса региона в сложных условиях кризиса страны в целом, стал перевод сельского хозяйства на новый экономический курс. В начале 2000-х годов на территории республики было зарегистрировано 269 крупных, средних и малых сельскохозяйственных предприятий, свыше 1400 крестьянских (фермерских) хозяйств. Овцеводство и козоводство для Республики Алтай являлись традиционными отраслями животноводства. Племенная база была представлена 50 племенными репродукторами и 5 племенными заводами, которые поставляли племенную продукцию как в хозяйства республики, так и за ее пределы. Успешно развивалось пантовое оленеводство, продукция которого не имела мировых аналогов. Стоимость высших сортов пантов на мировом рынке почти вдвое превышала продукцию из Китая и Канады.

Растениеводство было направлено на создание прочной кормовой базы для животноводства. В республике насчитывалось 11 тыс. га зерновых культур, 82 тыс. га однолетних и многолетних кормовых трав. В структуре производства зерна более 52% занимали овес, 26% пшеница, 20% ячмень и около 2% приходилось на рожь, гречиху и зернобобовые культуры. Наибольшие площади посевов были сосредоточены в Усть-Коксинском и Усть-Канском районах.