В январе 1954 г. была утверждена новая структура и штатная численность управления сельского хозяйства Горно-Алтайского облисполкома.

По просьбе Горно-Алтайского обкома КПСС на Горно-Алтайское областное управление сельского хозяйства было дополнительно возложено руководство финансово-хозяйственной деятельностью МТС.

В начале 1950-х гг. на территории Горно-Алтайской автономной области действовало 41 сельскохозяйственное учреждение.

В сельскохозяйственное производство области все больше внедрялись передовые методы ведения хозяйства. В 1955 г. около 200 человек из области завоевали почетное право быть участниками Всесоюзной сельскохозяйственной выставки в Москве, многие из них получили золотые и серебряные медали.

Учитывая природные и климатические особенности Горного Алтая, необходимо было решать проблему мелиорации в регионе.

В структуре областного управления сельского хозяйства в марте 1954 г. было создано управление оросительных систем со штатом 16 человек. Начальником управления стал К. Лемесев.

26 февраля 1958 г. было принято Постановление «О дальнейшем развитии колхозного строя и реорганизации машинно-тракторных станций».

Перед управлением сельского хозяйства встала задача провести реорганизацию МТС, оптимизировать работу новых РТС, укомплектовать их кадрами.

Учитывая особенности районов области и специализацию сельского хозяйства, было решено реорганизовать Кош-Агачскую ЛМС в Лугомелиративный отряд Онгудайской РТС, Усть-Канскую МТС в РТС с Черно-Ануйским отделением, Горно-Алтайску МТС в РТС с отделениями: Эликмонарским, Дмитриевским и Чергинским. Барагашская МТС была ликвидирована, а обслуживание колхозов передали Чергинскому отделению Горно-Алтайской РТС.

Начало 1960-х годов прошлого века было весьма бурным в части всевозможных нововведений. Советское правительство стало уделять большое внимание сельскому хозяйству страны. Положению дел в сельском хозяйстве были посвящены декабрьский (1959 г.), январский (1961 г.), мартовский (1962 г.) и февральский (1964 г.) пленумы ЦК КПСС, определившие практические мероприятия, направленные на улучшение качества сельскохозяйственной техники, увеличение производства минеральных удобрений, дальнейшее развитие ирригации. Была объявлена борьба против фактов приписок, очковтирательства и т. д.

После Пленума ЦК КПСС в январе 1962 г. произошли изменения и в органах управления сельским хозяйством. Управление сельского хозяйства и заготовок исполнительного комитета Горно-Алтайского областного Совета депутатов трудящихся было преобразовано в управление сельского хозяйства и заготовок сельскохозяйственных продуктов исполнительного комитета Горно-Алтайского Совета депутатов трудящихся. Основной задачей определялось руководство производством и заготовкой сельскохозяйственных продуктов в области. В январе 1963 г. вышло Постановление бюро Горно-Алтайского обкома КПСС и исполнительного комитета областного Совета депутатов трудящихся об образовании в области пяти производственных колхозно-совхозных управлений. Это:

Горно-Алтайское областное управление производства и заготовок сельскохозяйственных продуктов с центром в г. Горно-Алтайске. В состав вошли 65 хозяйств: 51 колхоз, 13 совхозов, 1 откормсовхоз.

Майминское производственное колхозно-совхозное управление с центром в с. Майма. В состав вошли 28 хозяйств Майминского и Турочакского районов: 24 колхоза, 3 совхоза, 1 откормсовхоз.

Кош-Агачское производственное управление с центром в с. Кош-Агач. В состав вошли 15 колхозов Кош-Агачского и Улаганского районов.

Онгудайское производственное колхозно-совхозное управление с центром в с. Онгудай. В состав вошли 9 хозяйств Онгудайского и Шебалинского районов: 5 колхозов, 4 совхоза.

Усть-Канское производственное колхозно-совхозное управление с центром в с. Усть-Кан. В состав вошли 15 хозяйств Усть-Канского и Усть-Коксинского районов: 8 колхозов, 7 совхозов.

В марте 1965 г. Советское правительство разделило функции руководства производством и заготовкой сельхоз продуктов, управление производства и заготовок было реорганизовано в управление сельского хозяйства исполнительного комитета Горно-Алтайского Совета депутатов трудящихся.

Основными функциями Управления было осуществление единой технологической политики в области сельского хозяйства.

В ведении областного сельхозуправления находился Гостехнадзор, следивший за техническим состоянием и сохранностью машинотракторного парка на сельскохозяйственных предприятиях.

За успехи, достигнутые трудящимися области в развитии народного хозяйства, а также и в культурном строительстве, Горно-Алтайская автономная область 8 августа 1967 г. Указом Президиума Верховного Совета СССР была награждена орденом Ленина.

В 1975 г. вновь произошло переименование управления в Производственное управление сельского хозяйства областного исполнительного комитета. Изменения в наименовании не повлекли за собой изменений функций.