Самым суровым испытанием для советской России стала Великая Отечественная война. За несколько дней после начала войны в военкоматы было подано свыше 800 заявлений добровольцев из Ойротии. Общее количество мобилизованных по области составило более 42 тыс. человек. В их числе были и специалисты областного и аймачных земельных отделов.

Основные задачи, которые встали перед земельными органами в военное время, заключались, прежде всего, в том, чтобы перестроить экономику на военный лад, увеличить производство и заготовку зерна, продукции животноводства, дать стране и фронту как можно больше хлеба, молока, мяса. Это была очень сложная, трудная задача.

На фронт уходили физически здоровые мужчины: опытные чабаны, пастухи, трактористы, комбайнеры, машинисты, кузнецы - основная рабочая сила сельского хозяйства, а также руководящие кадры - председатели колхозов, управляющие отделениями совхозов, бригадиры, заведующие фермами. Количество трудоспособных колхозников за первые 6 месяцев войны сократилось на 20%, рабочих лошадей - на 25%, автомашин - более чем наполовину.

Благодаря самоотверженной работе специалистов ОБЛЗО, удалось сохранить сеть агрономических и ветеринарных участков, многие из которых в годы войны пришли в абсолютную негодность, были разрушены. Война обострила все сложности кадрового обеспечения земельных органов. Весь относительно небольшой для области костяк довоенных специалистов оказался на фронте. Это привело к высокой напряженности труда оставшихся работников областного и аймачных земельных отделов.

К концу 1941 г. силами оставшихся в штате специалистов экономику Ойротии удалось перестроить на военный лад. Посевные площади по сравнению с 1940 г. выросли на 11%, на 8% выросло поголовье крупного рогатого скота, овец и коз – на 21,6%, свиней – на 8%. Увеличилось валовое получение продукции животноводства: по молоку на 11,1%, шерсти на 24,7%. На 9,6% возросли денежные доходы колхозов. Однако, несмотря на увеличение посевных площадей в 1941 г., валовый сбор зерна в среднем по области снизился на 4,7%, не выполнялся план по поднятию продуктивности животноводства: если по плану на одну фуражную корову требовалось надоить 1200 литров, то фактически за 1941 г. было надоено 786 литров. Не выполнялся план по настригу шерсти, наблюдался большой падеж молодняка, взрослого скота и прихолост маточного поголовья.

В 1943 г. областной земельный отдел был представлен управлениями: мелиорации, ветеринарии, землеустройства, отделами: землеустройства и мелиорации, также в структуру входили проектно-изыскательская группа, земельный отряд, ветеринарная баклаборатория, городская ветеринарная лечебница, планово-финансовый сектор. Большие сложности сохранялись со специалистами сельского хозяйства. Через два года после начала войны руководство области сумело хотя бы частично решить эту проблему. В 1943 г., в соответствии с решением Алтайского крайисполкома, штат областного и аймачных отделов был укомплектован зоотехниками из краевых учреждений и организаций. В сентябре 1943 г. в Горный Алтай были эвакуированы семь специалистов сельского хозяйства из оккупированных областей страны. Эти специалисты пополнили штаты областного и аймачных земельных отделов.

1943 г. стал для сельского хозяйства самым тяжелым: из-за нехватки кормов погибла значительная часть скота, упала урожайность сельскохозяйственных культур, сократились посевные площади. В земельных органах и колхозах работало всего 33 зоотехника, на каждого из них приходилось по 8 хозяйств и по 14 с лишним тысяч голов скота. 4 ветеринарных врача и 19 ветеринарных техников были не в силах справиться с резко увеличившимися болезнями среди животных. В результате пало скота всех видов 26 тыс. голов. Особенно тяжелая обстановка сложилась в Усть-Канском районе.

В 1944-1945 гг. больше внимания областной земельный отдел уделял сохранению животноводства и повышению его продуктивности. С колхозов области была списана задолженность прошлых лет по поставкам государству мяса, молока, шерсти, кож и брынзы. Все колхозы были освобождены от обязательных поставок свиных шкур, а колхозы Кош-Агачского, Улаганского аймаков и колхозы, расположенные в высокогорной части Онгудайского, Усть-Канского, Шебалинского, Турачакского, Чойского и Ойрот-Туринского аймаков, - от поставок картофеля, сена, овощей и яиц.

В 1945 г. Горный Алтай справился с объемами сдачи продуктов сельского хозяйства государству. За 1941-1945 гг. колхозники сдали государству 416 тыс. ц зерна, 217,6 тыс. ц мяса, 750 тыс. ц молока, 1312 ц животного масла, 15840 ц шерсти, 108 тыс. кож, более 187 тыс. овчин. Все это было бы невозможно без четкой, отлаженной работы областного и аймачных земельных отделов, специалисты которых ежедневно руководили работой по подъему сельского хозяйства.