Администратором государственной программы Республики Алтай «Развитие сельского хозяйства и регулирование рынков сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия», утвержденной постановлением Правительства Республики Алтай от 28 сентября 2012 года № 242 выступает Министерство сельского хозяйства Республики Алтай, соисполнителями госпрограммы являются Министерство регионального развития Республики Алтай, Комитет ветеринарии с Госветинспекцией Республики Алтай, Комитет по охране, использованию и воспроизводству объектов животного мира Республики Алтай.

Государственная программа направлена на достижение цели: обеспечение устойчивого функционирования агропромышленного комплекса Республики Алтай.
Цель государственной программы достигается путем решения следующих задач:
стимулирование роста производства основных видов растениеводческой продукции на территории Республики Алтай и повышение плодородия земель сельскохозяйственного назначения;
стимулирование роста объемов производства и переработки основных видов животноводческой продукции на основе увеличения поголовья животных и повышения их продуктивности, развитие племенного дела в животноводстве;
стимулирование развития малого бизнеса на селе, повышение занятости сельского населения;
стимулирование приобретения сельскохозяйственными товаропроизводителями высокотехнологичных машин и оборудования, внедрение передовых технологий и создание системы государственной автоматизированной системы управления в сфере агропромышленного комплекса на региональном уровне;
создание эффективной системы продвижения сельхозпродукции, кадрового обеспечения агропромышленного комплекса и повышения заинтересованности работников агропромышленного комплекса Республики Алтай в высокой производительности труда;
создание комфортных условий жизнедеятельности в сельской местности;
повышение продуктивности и устойчивости сельскохозяйственного производства и плодородия почв средствами комплексной мелиорации в условиях изменения климата и природных аномалий и повышение продукционного потенциала мелиорируемых земель и эффективного использования природных ресурсов;
создание условий для устойчивого развития рыбохозяйственного комплекса Республики Алтай, сохранения, воспроизводства и рационального использования водных биологических ресурсов;
развитие семенного картофелеводства, овощеводства открытого и защищенного грунта.